Stephan Kallee wurde 1965 in Tübingen als Sohn des Universitätsprofessors Ekkehard Kallee und seiner Frau Barbara Kallee, geb. Weigmann geboren. Er ging auf das Tübinger Uhland-Gymnasium, wo er 1985 das Latinum, Graecum und Abitur erhielt. Seine Wehrpflicht leistete er als Motorentechniker auf dem Versorgungsschiff Tender 'Main'.
Er studierte an der Technischen Universität München Maschinenbau mit Schwerpunkt Fertigungs- und Betriebstechnik. Nach Semesterarbeiten über Elastohydrodynamik und die lasergerechte Konstruktion einer Kraftfahrzeugtür schrieb er seine Diplomarbeit über flexible und kompliente Systeme in der Lasermaterialbearbeitung. Nach Abschluss seines Studiums ließ er sich an der Schweißtechnischen Lehr- und Versuchsanstalt in München zum Schweißfachingenieur (International Welding Engineer) ausbilden.
Im Mai 1995 begann er seine berufliche Tätigkeit als Projektleiter am TWI (The Welding Institute) in Cambridge, England. Er wurde dort zum Spezialisten für das Schweißen in der festen Phase, also unterhalb des Schmelzpunktes. Dabei setzte er Prozesse wie Reibrührschweißen, Linearreibschweißen sowie Schweißen mit magnetisch bewegtem Lichtbogen ein. Er leitete als Collaborative Project Manager europäische Verbundforschungsprojekte wie LinFric® (1,36 Mio €),[1] EuroStir® (8,5 Mio €)[2] und STEQ™[3]. Als Sector Manager arbeitete er bis September 2008 in der Neukundenrekrutierung in den Industriesektoren Automobilbau, Schienenfahrzeugbau, Schiffbau, Schwermaschinenbau sowie Luft- und Raumfahrt.[4][5]
Ab November 2008 arbeitete er für 7½ Jahre bis März 2016 bei der PSTproducts GmbH in Alzenau, wo er als Senior Sales Manager für den Technischen Vertrieb verantwortlich war. Er fokussierte sich auf die industrielle Anwendung der elektromagnetischen Pulstechnologie zum EMPT-Schweißen, Crimpen, Fügen, Schneiden und Umformen von Metallen. Darüber hinaus beriet er Firmen bei der Beschaffung von automatisierten Roboter-Schweißzellen zum MIG-/MAG- und WIG-Schweißen sowie schlüsselfertigen Anlagen zum Rotationsreibschweißen und dessen Varianten, sowie weiteren Schweiß- und Fügeverfahren, einschließlich Kondensatorentladungsschweißen, Punktschweißen, Rollennahtschweißen und Bolzenschweißen. Kundenspezifisches Prototyping und Dienstleistungen zur Simulation mithilfe der Finiten-Elemente-Methode spielten dabei eine wichtige Rolle.
Ab 2016 war er CSO der Stirtec GmbH in Premstätten bei Graz in Österreich und widmete sich dort dem industriellen Einsatz von Friction Stir Welding (FSW). Das Unternehmen bietet gesamtheitliche FSW-Fertigungslösungen aus einer Hand – von der Produktidee bis zur Serienfertigung.
2018 gründete er AluStir und arbeitet seitdem selbständig als Technischer Berater für Schweißtechnik und Fahrzeugbau.